Сначала нам показывают ролик, в котором небольшая группа ученых, ведомых сталкером, куда-то направлялась. Тут неожиданно взбесилась стая псевдособак и бросилась со всех ног прочь. Затем произошел выброс и главный герой потерял сознание. Когда он очнулся, то обнаружил себя на базе группировки Чистое Небо, где ее глава Лебедев объяснил ему, что его нашли члены банды на болотах. Вы узнаете, что героя зовут Шрам. Потом идем к бармену, слушаем рассказ о группировке, далее – в штаб Лебедева. Он попросит вас о помощи. Получаем снаряжение у торговца Суслова и спешим на помощь.
Идем прямо, не забывая кидать вперед болты, дабы не угодить в аномалию. Забираемся на вышку. Снова выброс. Напарник погибает – вы снова выживаете. Говорим с Лебедевым. Он расскажет вам, что, вероятнее всего, причина частых выбросов – проникновение постороннего в цент Зоны. На вас же возложена миссия предотвратить надвигающуюся катастрофу, т.к. только у вас имеется частичный иммунитет к выбросам, хоть они и уничтожают вашу нервную систему. Отправляем к праотцам бандитов, держащих осаду лагеря. Забираем у торговца флещ-карту с информацией о схроне. Идем к болотному охотнику.
Здесь вам нужно укрепить позиции Чистого Неба. После этого уничтожаем бандитов на ферме. Очищаем дороги на Агропром и кордон. Находим проводника и направляемся на кардон.
Уничтожаем военных (на свой страх и риск) или просто быстро убегаем от них. Направляемся к торговцу Сидоровичу. Он расскажет вам о знакомом сталкере и даст вам задание отыскать кейс. Приступаем. Говорим с Валерианом, что за насыпью. Говорим с заложником, пытаясь выведать, где спрятан кейс. Тот отмалчивается, будучи уверен, что его не станут убивать. Говорим с здешним лидером, тот предлагает уничтожить союзников военных. Так и делаем. После возвращаемся к заложнику. Он раскалывается, но просит вам дать ему пистолет. Соглашаться или нет – решать вам. Идем к тайнику, что в корзинке под мостом. Относим кейс торговцу.
Идем к диггерам. Они дают вам информацию о Клыке. Отправляемся по месту назначения, там находим труп и КПК. Узнаем, что диггер отправил помощника к Клыку. Находим помощника, помогаем ему отбиться от стаи собак. Узнаем, что Клык направился в Темную долину. Значит, и нам туда же. Натыкаемся на блокпост группировки Свобода. Следуем их указаниям. Отправляемся на их базу. Чтобы встретиться со здешним командиром, нужно поработать, что мы и выполняем. Уничтожаем мутанта, затем берем патроны у Ашота и относим их на форпост. Оказывается, тут все убиты. Находим КПК, относим его Чехову.
Комендант оказывается предателем и исчезает. Чехов за информацию сообщает вам частоту КПК Клыка, по которой его можно вычислить. Сейчас Клык на свалке. Но перед походом туда, советую выложить из карманов все ценное, деньги тоже потратить, ибо на свалке вас обчистят бандиты. После этого эпизода находим КПК Клыка, который тот потерял. С вами свяжется Лебедев и даст задание отыскать тайник Клыка. Забираем свое оружие и направляемся на поиски.